Emniyet Genel Müdürlüğü bünyesinde yapılan yeni görev dağılımı kapsamında, geçmiş dönemde İstanbul Emniyet Müdürlüğü vazifesini yürüten Emniyet Genel Müdür Yardımcısı Mustafa Çalışkan’a kurumun operasyonel açıdan en kritik başkanlıkları bağlandı. Yapılan düzenlemeyle Kaçakçılık ve Organize Suçlarla Mücadele, Narkotik, Özel Harekat ve Terörle Mücadele birimlerinin yönetimi Çalışkan’ın sorumluluğuna verildi.
Mustafa Çalışkan, megakentteki emniyet müdürlüğü sürecinde dönemin İçişleri Bakanı Süleyman Soylu ile yaşadığı iddia edilen anlaşmazlıklarla kamuoyu gündemine taşınmıştı. Bu gerilime dair iddialar arasında, Soylu’nun oğlunun bulunduğu bir aracın polis ekiplerince durdurulup aranması ve akabinde gerçekleşen telefon temasında Çalışkan’ın çağrıyı meşgule attığı iddiası yer almıştı.
İki isim arasındaki sürtüşme iddialarında Sedat Peker’e koruma polisi tahsis edilmesi başlığı da öne çıkmıştı. Peker, yayımladığı videolardan birinde Soylu’ya yönelik şu ifadeleri kullanmıştı:
Bana koruma polisini sen vermedin mi?
Söz konusu koruma kararıyla ilgili olarak Soylu, Çalışkan’ın Terörle Mücadele Müdürlüğü dönemine işaret etmiş ve görevlendirme talimatında Çalışkan’ın imzasının bulunduğu iddia edilmişti.
Hakkında açığa alınacağına dair iddiaların gündeme gelmesi üzerine Çalışkan tepkisini şu sözlerle belirtmişti:
Türkiye’deki en dürüst insanı neden dolayı açığa alacaklar çok merak ediyorum. Çıksın bir görelim bakalım. Türkiye’de insanlar var. Dürüst siyasetçiler var. En başta Sayın Cumhurbaşkanı var. Mustafa Çalışkan gibi bir insanı açığa kim alacak, nasıl alacak bir görelim bakalım. Çok merak ettim
